Nel 1000 a.C. dei coloni provenienti dal Peloponneso arrivarono sull'isola e fondarono tre potenti città, Ialysus, Camirus e Lindus, dividendo così l'isola in tre regni. Insieme a Cos, Cnidus e Halicarnassus queste tre cittadine formarono un'alleanza conosciuta come "l'Esapoli Doriana".
Nei secoli seguenti, Rodi, trovandosi al crovevia tra Est e Ovest, fiorì sia economicamente che culturalmente. Sviluppò relazioni commerciali con i Fenici, ed è probabile che l'alfabeto fenicio, dal quale deriva quello greco, entrò in Grecia proprio attraverso Rodi. Le sue città diventarono molto ricche e crearono colonie in tutto il mediterraneo.
Sotto il governo dei Sette Saggi del mondo antico, Lindus (ora Lindos) nel sesto secolo a.C. divenne uno dei maggiori centri per il commercio e il trasporto marino. Nel 500 a.C. Rodi venne conquistata dai persiani, ma la fine delle guerre persiane nel 479 a.C. segnò anche la fine della dominazione sull'isola.
Nel 478-77 a.C. le città dell'isolo divennero menbre della lega Ateniese, e combatterono al fianco di Atene nelle guerre del Peloponneso. Nel 411 a.C. Dorieus, figlio del famoso atleta (vincitore delle Olimpiadi) Diagora, persuase gli abitanti di Rodi a costruire una moderna città che potesse contenere gli abitanti delle tre città antiche dell'isola. La posizione per questa nuova città (chiamata Rodi) fu scelta nella punta nord-orientale dell'isola. La pianta dell'isola si basava su strade parallele che formavano una griglia, e tutto intorno doveva erigersi un imponente muro perimetrale; le mura di Rodi furono uno dei migliori esempi di fortificazioni dell'epoca. La città si diede un governo democratico e si votò al dio sole Helius. Rapidamente questa città, con i suoi cinque porti, divenne una delle più ricche e propserose del Mediterraneo orientale.
Nel terzo secolo a.C. Rodi fu invischiata nelle lotte Macedoni e durante i conflitti nel Mediterraneo curò i propri interessi economici, alleandosi con parti diverse in ogni situazione. Nel secondo secolo a.C. divenne un centro accademico del tutto simile ad Atene, dove la gente si recava per studiare le arti e le scienze. Formò pittori e scultori di fama, nonchè scienziati e filosofi.
Quando la supremazia dei Romani si diffuse nel corso del secondo secolo a.C., in difesa dei propri interessi economici Rodi si alleò con i nuovi dominatori. Questi però indebolirono economicamente l'isola, creando il porto libero di Delo, che inflisse un duro colpo al commercio di Rodi. Quando l'isola si rifiutò di aiutare Cassius durante la guerra civile a Roma, questi venne a razziare Rodi selvaggiamente, trafugando più di 3000 pezzi artistici. In questa data, il 42 a.C., iniziò un periodo di declino. Nel 155 un terremoto catastrofico devastò l'isola.
Nel settimo secolo si scatenò una nuova serie di catastrofi, sotto forma di razzie e invasioni. Quando i Franchi assediarono Costantinopoli, nel 1204, il proprietario terriero Leon Gavalas si proclamò sovrano dell'isola, ma già nel 1250 la città di Rodi venne conquistata dai genovesi.
Nel 1306 Rodi fu venduta ai cavalieri dell'ordine di San Giovanni, che vi si stabilirono nel 1309. Questi trasformarono la città ormai derelitta in uno splendido centro, pieno di chiese, palazzi e magnifici edifici pubblici, rafforzando inoltre le mura perimetrali.
Nel 1480 la città resistette all'assedio dei Turchi, ma dovette capitolare contro gli Ottomani nel 1522; i cavalieri furono costretti ad andarsene. Il periodo di dominazione Ottomana fu un'età buia sia per Rodi che per il resto del Dodecaneso. Durante gli ultimi due secoli, tuttavia, l'isola beneficiò della rinascita commerciale della Grecia, e Lindos diventò uno dei maggiori centri commerciali e artigianali. La dominazione durò fino al 1912, quando il Dodecaneso fu occupato dagli Italiani.
Questo (spiace dirlo) fu un altro periodo negativo nella storia dell'isola, specialmente mentre il fascismo si diffondeva in Italia, anche se in questi anni furono completate molte opere di bonifica e costruzione sull'isola, come la rete stradale.
Nel 1948, il 7 Marzo, Rodi fu finalemente riunita con la madrepatria, e divenne parte dello stato greco.