Nel primo maggio 408 morì Arcadio, e venne nominato imperatore Teodosio II (un bambino di sette anni).

Stilicone si accingeva a recarsi da Bologna (dove si trovava) a Costantinopoli, per sistemare le faccende diplomatiche, mentre Onorio si dirigeva con il cancelliere Olimpio (un greco) a Pavia, dove erano radunate le truppe, per promuovere la campagna contro l'usurpatore Costantino.

Olimpio stava compiendo un'accorta opera di diffamazione presso Onorio ai danni di Stilicone, insinuando che quest'ultimo mirasse ad insediare il proprio figio Eucherio sul trono di Costantinopoli.

Durante il discorso dell'imperatore ai soldati in Pavia, ad un segnale convenuto, scattò il colpo di mano organizzato da Olimpio: tutti i funzionari civili e militari fedeli a Stilicone vennero assaliti e uccisi. Onorio, colto di sorpresa e in un primo tempo fuggito, ricomparì poi, tentando di frenare la strage.

Stilicone, aggiornato a Bologna sugli ultimi drammatici eventi, saputo salvo l'imperatore, non volle intervenire, sperando ancora in un chiarimento e in una ricomposizione.

Si recò a Ravenna, dove venne raggiunto da una lettera di Olimpio che ne ordinava l'arresto. Si rifugiò in una chiesa, appellandosi al diritto di asilo. gli fu promessa salva la vita se si fosse consegnato ai soldati: ma, consenziente alla resa, gli venne letto un secondo documento che lo accusava di tradimento e ne sentenziava la morte (23 agosto 408).

Alla decapitazione di Stilicone (che pure avrebbe potuto ribellarsi, forte dell'appoggio dei suoi fedelissimi unni, e non lo fece per non scatenare una feroce e nefasta guerra civile in un momento così critico per l'impero) seguirono altri atti scellerati: vennero cercati i suoi amici e dipendenti, uccisi o torturati perchè confessassero le presunte colpe di lui (e ne giustificassero così l'assassinio); ma nemmeno una confessione potè essere estorta. Vennero effettuate confische di beni e destituzioni di cariche su larga scala. Venne poi concessa l'impunità ai soldati romani che avessero ucciso o derubato i famigliari residenti in Italia dei soldati germanici che stavano combattendo per Roma (!): la qual cosa, a parte le ovvie considerazioni di ordine morale, portò alla diserzione di migliaia di militi barbari.