Mentre nel VI sec. aC gli Ionici avevano raggiunto, basati sull'osservazione, una visione del mondo interessante:
sole, luna, terra fatte da unica sostanza - occupano la loro posizione attuale per effetto naturale del movimento della materia originaria - gli esseri viventi sono il prodotto di un processo naturale e soggetti alla necessità di adattarsi), nel VI sec. dC uno scrittore come Cosma Indicopleuste sostiene (Topografia Cristiana): 
la terra è una distesa uniforme chiusa da alte pareti da ciascuno di quattro lati. Il mondo era fatto a modello del tabernacolo di Mosè. Inoltre erano gli angeli a produrre il giorno e la notte, e a produrre tutte le forze motrici.

Le ragioni della decadenza della scienza greca sono molteplici: la sperimentazione era solo episodica e vista come supporto della teoria - gli scienziati erano un'elite - la società era su basi schiaviste e la tecnica slegata dalla scienza - disprezzo dell'aristocrazia per il lavoro manuale

Plutarco, (I dC) interpreta (Dialogo Conviviale) i concetti di Platone sulla geometria e l'aritmetica. 'Dio usa sempre la geometria'. 
Il fine della filosofia è la contemplazione dell'eterno: per questo Platone criticò i tentativi di Eudosso di risolvere i problemi geometrici con mezzi strumentali e meccanici, perché questi ci allontanano da quelle forme esterne ed incorporee che sono sempre pensiero di Dio (sono esse stesse Dio).
Licurgo aveva bandito da Sparta lo studio dell'aritmetica, perché popolare e democratico nelle conseguenze ed introdotto la geometria perché più adatta ad oligarchia. La matematica, fondata sui numeri, distribuisce ugualmente le cose; la geometria, basata sulle proporzioni, distribuisce secondo il merito.
Platone pensa che la materia sia fonte di disordine e discordia e che la geometria abbia il compito di imporre ordine e armonia (introducendo numero e proporzione si ottengono forme che sono il fondamento per la formazione dell'aria e della terra, dell'acqua e del fuoco). Funzione della geometria è elevare le nostre menti dalle cose terrene a quelle celesti.
Dio, come supremo geometra, si era posto al momento della creazione il massimo problema geometrico: data la materia e la forma, creare una terza cosa simile alla forma ma formata di materia (il risultato fu il cosmo).

Nel V sec. aC il poeta pagano Empedocle sostiene la necessità di una conoscenza naturale delle cose. Nel V sec. dC invece il poeta cristiano Prudenzio rifiuta la conoscenza della natura delle cose.

La rinascita ionica fu un vero e proprio movimento di istruzione popolare. In un trattato di medicina del V sec. aC si polemizza su quei filosofi che si occupano della natura umana senza studiare la medicina. Il poeta Senofane afferma che "gli dei non hanno rivelato ogni cosa all'uomo fin dall'origine, ma l'uomo con la sua ricerca paziente riesce a scoprire ogni cosa".
Parmenide invece, convinto della fallacia dei sensi, fu dell'opinione che solo sulla ragione si potesse fare affidamento e si sforzò di costruire un sistema filosofico in cui fosse esclusa l'evidenza dei sensi.
Empedocle, scelse una via di mezzo: se non considerò la prova dei sensi come una scienza autonoma, comprese però che essa è il presupposto della scienza e che il progresso delle conoscenze fisiche si compie proprio per mezzo della riflessione sui dati sensoriali. Egli dimostrò la natura corporea dell'aria (immergendo un imbuto capovolto nell'acqua vi rimane aria dentro se si tiene chiuso con un dito). Il suo sistema del mondo prevede i quattro elementi attratti uno verso l'altro dall'Odio e dall'Amore.
Mentre la vecchia concezione aveva popolato il mondo di dei, di semidei di esseri sopranaturali e spingeva a credere in quella visione del mondo per paura della punizione degli dei, nella nuova visione del mondo ci si deve credere solo per l'evidenza degli argomenti e non per forza divina.

Prudenzio è un poeta che diventa tale nella vecchiaia (IV sec. dC) in Spagna. Prima fu giurista e governatore. Canta la natura e la visione cristiana. E' tutt'altro che un ignorante. Tuttavia se prende a prestito qualche elemento di filosofia naturale se ne scusa subito ('se è lecito prendere qualcosa dai pagani o trarre esempi dalla filosofia naturale').
A differenza di Cosma Indicopleuse, Prudenzio è intelligente e grande poeta. Tuttavia il clima dell'epoca è ben diverso da quello degli ionici. Prudenzio apparteneva alla generazione che aveva appreso da S. Agostino che in materia di cose naturali le Sacre Scritture sono infallibili e che quando c'è contraddizione fra la natura e la Bibbia occorre correggere le nostre idee sulla natura.
Si può risalire, per questo privilegiare la verità rivelata, a Platone. Quando fondò l'istruzione sulla matematica invece che sulla filosofia naturale orientò il mondo in una via sbagliata. S. Agostino dice che "qualsiasi conoscenza l'uomo abbia acquisito fuori della Sacra Scrittura se essa è dannosa vi è condannata, se è utile vi è contenuta."

Questo cambiamento non avvenne perché il cristianesimo fu più superstizioso del paganesimo. Il contrario. Quando Giuliano restaurò per breve tempo il paganesimo restaurò anche un insieme di superstizioni che se avessero avuto il sopravvento avrebbero reso il Medioevo ancora più buio.

La polemica sulla superstizione comincia con la teoria atomica e con Ippocrate. Queste sono le due grandi conquiste della scienza ionica prima di Socrate. La teoria atomica non poteva essere basata sull'esperienza, perché gli atomi erano troppo piccoli. Tuttavia gli atomisti sono ben convinti della necessità di sperimentare. Dice Lucrezio che ci sono molte cose che non vediamo ma di cui constatiamo gli effetti (il vento che muove gli alberi, i profumi che ci arrivano al naso, non vediamo le particelle portate via dalla erosione o dallo sfregamento delle mani sulle statue, ma vediamo l'impicciolimento così prodotto). L'azione della natura si svolge per mezzo di particelle invisibili.

Gli atomisti concepirono l'uomo che agisce in modo razionale di fronte alla natura, fiducioso che le leggi naturali non sono superiori alle possibilità della conoscenza umana. Euripide canterà uno spirito molto moderno di conoscenza scientifica: "Beato l'uomo che ha conquistato la sapienza dallo studio della natura: nessun danno egli reca ai cittadini suoi, azioni ingiuste non compie, ma esamina l'immutabile ordine della natura immortale, di che sia composta e come e perché. Non vi è posto nel cuore di un tale uomo per il proposito di azioni ingiuste."

Ancora più evidente è lo spirito moderno della medicina di Ippocrate. La medicina greca fece miracoli nell'osservazione e nella classificazione dei sintomi patologici. Si osservava la pelle, le unghie, i capelli, la forma ed il colore del corpo, l'appetito, i brividi, le urine, gli escrementi, si ascoltava il rumore della cavità polmonare. 
Nei Precetti: " Nella medicina sopratutto non bisogna affidarsi a teorie plausibili, ma soltanto all'esperienza congiunta alla ragione perché una teoria è un insieme di cognizioni apprese durante la percezione... Approvo la teoria solo se è basata sui fatti e se le sue conclusioni concordano con i fenomeni..." 
Nella medicina non c'è posto per i postulati "poichè la medicina tiene ogni oggetto del suo studio sotto controllo." L'immagine del medico ippocratico è quella di uno dedito in ugual misura alla paziente analisi della natura e al paziente servizio dell'umanità, il risanatore del corpo e della mente, col suo annuncio fiducioso che i mali non sono punizioni soprannaturali, ma affezioni naturali che la scienza col tempo può alleviare (anche se "lunga è l'arte e breve la vita").