Jimmy e Marina sono due giovani allenatori di Pokémon, partiti da Borgo Foglianova l'uno con lo scopo di diventare il Campione della Lega Pokémon, l'altra con l'obiettivo di trasformare i combattimenti in spettacoli (in una sorta di anticipazione di quelle che diventeranno le Gare delle Virtù). Durante il loro cammino si imbattono in Raikou, leggendario Pokémon di tipo Elettro dalla straordinaria potenza. Ma si sa, tanto potere finisce presto o tardi per attirare attenzioni maligne... Infatti Attila e Unn, membri del famigerato Team Rocket, hanno intenzione di catturare il Pokémon Tuono e sfruttarne l'energia per i loro loschi piani. Per fare ciò hanno costruito il Cristallo Miracoloso, una malvagia apparecchiatura in grado di assorbire l'energia dei Pokémon di tipo Elettro e utilizzarla per attaccarli. I due decidono di utilizzare il marchingegno per attirare e catturare diversi mostriciattoli, nella speranza di costringere Raikou ad uscire allo scoperto. Jimmy e Marina, attirati dai loro Pokémon verso la zona dell'operazione, riescono momentaneamente a sventare il piano malvagio, ma Raikou rimane tramortito: ogni volta che cerca di colpire il Cristallo con una scarica elettrica, questa gli si riversa addosso. Il Pokémon deve dunque essere portato al più vicino Centro Pokémon. Una volta in forze, Raikou dà voce alla sua natura selvatica e fugge nuovamente nel bosco. I Rocket però non demordono e tentano un'altra cattura: il Pokémon Tuono tenta di distruggere il Cristallo, ma ancora una volta senza successo. Ma questa volta Jimmy e Marina sono spalleggiati dal loro amico d'infanzia Vincent e dallo scienziato Yunigi e per un attimo sembrano avere la meglio sul marchingegno. Ma non è ancora finita! Il Cristallo si riattiva diventando nero e immobilizza Raikou risucchiando la sua energia. I nostri amici dovranno tentare il tutto per tutto se vorranno salvare il Pokémon Tuono... Riusciranno Jimmy, Marina e gli altri a porre fine al folle piano del Team Rocket? Lo scoprirete guardando questo appassionante film!